PPP项目废止应遵循以下程序：
成立清算工作小组
在提前终止通知发出之后，政府方和社会资本方（项目公司）各自组成清算工作组。
确定清算工作组的工作职责、人员分工及工作计划和时间安排等。
准备提前终止方案
双方共同协商制定项目提前终止处理方案，指导整个项目清算工作的进行。
终止处理方案应包含已完成工程量的计算、提前终止补偿款（政府方选择提前终止情形的补偿金的计算方式：已投入的资本金+已投入的资本金按回报率计算的投入期间回报+提前终止所发生第三方的费用等）的确定、结算方式、支付时间，已完成的工程及合同等的移交等内容。
开展提前终止谈判
双方清算工作组就提前终止方案中的相关内容进行正式谈判。
在确定最终谈判结果后，制作谈判备忘录并达成提前终止协议，协议明确提前终止的合意、提前终止补偿款及支付时间等问题。
项目公司清算
项目公司清算一般应履行的程序包括：成立清算组、通知和公告债权人、清理公司财产、资产处置、清偿债务、剩余财产分配、制作清算报告，申请注销登记。
双方根据提前终止协议履行各自义务，按照《公司法》和公司章程规定对项目公司进行清算，项目公司股东清算解散或股权转让的方式实现退出。
结算工作
地方政府和项目公司以及社会资本的结算工作组是终止合同的核心。
在各自设定阶段工作小组后，首先需要确定结算工作组的授权范围、工作职责、内部分工及工作的时间安排流程。
确定解除原因
各方需要共同确定解除PPP项目协议的原因，可能包括协议期满、违约行为、项目需求变化等。
国家法律和条款
在解除PPP项目协议之前，各方需要仔细研究适用的国家法律和协议条款，确认解除协议的法律后果。
通知和谈判
解除协议的一方需要向其他各方发出书面通知，说明解除的意图和原因。
各方应进行谈判，寻求共同解决的途径，可能包括合同修订、争议解决或其他方式，以减轻双方的损失。
协议解除和事务处理
如果谈判无法达成一致，各方可以依照协议约定的程序解除协议。
解除协议后，需要处理相关的事务，包括资产转移、财务清算、人员调整等。
政策变化和文件废止
注意政策变化，如财政部印发《关于废止政府和社会资本合作（PPP）有关文件的通知》，废止了一系列PPP相关政策文件。
建议：
在进行PPP项目废止时，应详细制定提前终止方案，并进行充分谈判，确保双方权益得到保障。
遵循相关法律法规和公司章程，确保清算过程的合法性和透明度。
及时处理项目公司清算和资产移交，避免后续纠纷。