员工停职后的下一个程序通常包括以下几个方面：
协商恢复职位
员工可以自行与单位沟通，请求恢复原职位。如果双方能够达成一致，则可以直接恢复原职位。
劳动仲裁
如果协商无果，员工可以申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，员工需要提交相关证据，说明自己的诉求和理由。仲裁机构会根据法律法规和证据作出裁决。
等待处理意见
对于停职检查期间的具体时间没有明确规定，一般从初步核实工作实际开始之日算起，至纪检室提出处理意见呈报分管领导审批时为止。
薪资调整
在停职审查期间，如果遇到国家规定调整工资（含调整标准、晋升工资档次和级别工资），员工的工资调整会暂缓执行。待审查结束后，根据结论进行相应的工资补调和补发。
法律依据
处理停职员工时，必须严格依照法律、行政法规以及单位依法制定的规章制度进行。如果没有法律或规章制度依据，不能采取停工、停职检查期间扣发工资和生活费的做法。
离职手续
如果停职后员工最终被解除劳动合同，需要按照《劳动合同法》的规定办理离职手续，包括提前申请、填写流程表、领导签字审批、工作交接、押金清退以及社保关系转移等。
综上所述，停职后的下一个程序主要取决于员工与单位之间的协商结果以及法律法规的规定。如果协商无果，可以通过劳动仲裁等法律途径解决纠纷。在整个过程中，单位应严格按照法律法规和内部规章制度处理，保障员工的合法权益。