医疗机构停业程序如下：
申请和受理
申请人需提交以下资料：
由医疗机构法定代表人签署的《医疗机构停业、歇业申请书》。
医疗机构停业流程图。
申请资料预审，若不符合要求则需补全后重新提交。
受理部门为所在辖区卫生健康行政部门，初审合格后签署意见并递交至市政务服务中心卫生健康委窗口。
资料审核与论证
许可处组织论证和资料审核，确认是否符合停业资格。
若资料不全或不符合资格，将不予受理并书面通知申请人补全。
领导签批与停业公示
审核通过后，需领导签批。
停业信息需进行公示，确保公众知晓。
注销登记
医疗机构非因改建、扩建、迁建原因停业超过一年的，视为歇业，必须向原登记机关办理注销登记。
经登记机关核准后，收缴《医疗机构执业许可证》。
其他相关事项
医疗机构在停业期间，需妥善处置相关设备和物资，如医疗设备可以顶让或转售，未拆封的货品可以与厂商协议退货。
所有医疗人员也须完成歇业手续，并向所属公会办理会员异动登记。
建议：
医疗机构在申请停业前，应仔细准备相关资料，并确保所有程序符合法律法规要求，以避免因资料不全或不符合资格而被不予受理。
停业期间，医疗机构需妥善安排员工的资遣和设备物资的处理，确保停业过程顺利进行。