评估机构征收程序主要包括以下几个步骤：
选定评估机构
被征收人在规定时间内协商选定房地产价格评估机构。协商不成时，按少数服从多数的原则投票决定，或者采取摇号、抽签等随机方式确定。
签订合同
房屋征收部门作为委托人，向房地产价格评估机构出具房屋征收评估委托书，并与其签订房屋征收评估委托合同。评估、鉴定费用由委托人承担。
实地评估
注册房地产估价师根据房屋征收部门提供的依据《征收条例》公示后的房屋调查结果进行实地查勘，调查核对被征收房屋状况，拍摄反映被征收房屋内外部状况的照片等影像资料，做好实地查勘记录。房屋征收部门、被征收人和注册房地产估价师在实地查勘记录上签字或盖章确认。
业内评估
估价时点为房屋征收决定公告之日。估价目的包括为房屋征收部门与被征收人确定被征收房屋价值的补偿提供依据，或者为计算被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价提供依据。
估价技术：注册房地产估价师应当根据评估对象和当地房地产市场状况，对评估方法进行适用性分析后，选用其中一种或者多种方法对被征收房屋价值进行评估。可以同时选用两种以上评估方法的，应选用两种以上评估方法，并对各种方法的测算结果进行校对和比较分析后，合理确定评估结果。
公开解释
房地产价格评估机构向房屋征收部门提供分户的初步评估结果，房屋征收部门将评估结果向被征收人公示。公示期间，估价师要对初步评估结果进行现场说明解释。
交付报告
公示期满后，房地产价格评估机构向房屋征收部门提供整体评估报告和分户评估报告，房屋征收部门向被征收人转交分户评估报告。
申请复核
被征收人或者房屋征收部门对评估结果有异议的，自收到评估报告之日起10日内，向房地产价格评估机构申请复核评估。
申请鉴定
被征收人或者房屋征收部门对原房地产价格评估机构的复核结果有异议的，自收到复核结果之日起10日内，向被征收房屋所在地评估专家委员会申请鉴定。
这些步骤确保了评估过程的透明、公正和合法，保障了被征收人的合法权益。