后续审计的程序主要包括以下几个方面：
编制审计方案，确定审计范围
在开展后续审计前，内部审计机构需要做好审前准备工作。
对审计期间的各类审计决定和意见、建议进行认真分析。
对被审计单位的审计回复进行清理，全面收集审计资料。
理出审计决定和意见中的重要、疑难问题，逐项列出。
编制后续审计清单，并对所搜集资料按照审计目标进行整理和分类。
在编制审计方案时要确定重点审计项目和重要关注点，充分考虑以下相关因素：审计决定和建议的重要性、纠正措施的复杂性、落实纠正措施所需要的期限和成本、纠正措施失败可能产生的影响、被审计单位的业务安排和时间要求。
检查、分析被审计单位的审计回复
后续审计的一个重要步骤是检查被审计单位对审计发现和建议是否已经采取了适当的纠正行动并取得预期的效果。
内部审计人员需要对被审计单位的审计回复进行详细分析，以评估其纠正措施的有效性和合规性。
跟踪审计
后续审计通常在审计报告发出后的一段时间内进行，以确保被审计单位有足够的时间采取纠正措施。
跟踪审计的目的是检查被审计单位是否已经采纳了审计意见并执行了审计决定，以及这些措施是否取得了预期的效果。
评估纠正措施的效果
后续审计需要评估被审计单位采取的纠正措施是否有效，是否达到了预期的目标。
这可能包括对纠正措施的实施情况进行检查，以及对相关数据和信息的分析。
报告和沟通
后续审计结束后，内部审计人员需要撰写审计报告，总结审计结果和发现的问题。
报告应报送本单位领导人审批，并征求被审计单位的意见。
如果被审计单位对审计意见书和审计决定有异议，可以向内部审计机构所在单位负责人提出，该负责人应当及时处理。
通过以上程序，内部审计机构可以确保被审计单位对审计发现和建议采取了适当的纠正行动，并评估这些措施的有效性，从而提高组织的管理水平和风险控制能力。