企业开除员工的合法程序一般包括以下几个步骤：
明确解除理由
企业应根据《劳动合同法》的相关规定，明确解除劳动合同的理由。这些理由可能包括员工严重违反规章制度、不能胜任工作、严重失职等。
企业需要收集相应的证据来支持其决定，例如《规章制度签收确认函》、《员工处罚通知书》、《培训记录表》等。
通知工会
如果企业设有工会，那么在作出开除决定前，应事先将理由通知工会。工会有权提出意见或建议，企业应当认真考虑工会的意见。
书面通知员工
在确定解除理由并征得工会同意（如有）后，企业应向员工发出单方解除劳动合同的书面通知书。这份通知书是企业开除员工的关键法律文件，其内容必须准确、完整、合法。
办理工作交接
企业应通知员工办理工作交接，并交回工具设备等。员工应当按照双方约定，办理工作交接。
出具解除劳动合同的证明
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
支付经济补偿
用人单位依照《劳动合同法》有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。经济补偿的计算方式一般为按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资。
其他手续
企业还需为劳动者办理党、团、工会组织关系和档案等转移手续，以及社会保险和公积金转移手续等。
以上步骤是企业开除员工的一般流程，具体情况可能因企业规章制度和实际情况有所不同。建议在实施开除程序时，企业应严格遵守相关法律法规，确保程序的合法性和公正性。