新疆孤儿的认定程序如下：
申请
由孤儿监护人向孤儿户籍所在地乡镇人民政府（街道办事处）提出申请。
申请时需出具孤儿父母死亡证明或人民法院宣告其父母死亡或失踪的判决书。
申请时需同时提供申请孤儿认定儿童的身份证（或户口本）原件、监护人或单位负责人身份证（或户口本）原件、申请孤儿认定儿童本人近期1寸免冠照片2张。
审核
乡镇人民政府（街道办事处）对申请人和社会散居孤儿情况进行核实并提出初步意见，报县级民政部门审批。
乡镇人民政府（街道办事处）应在10个工作日内，对监护人的监护能力和申请孤儿认定的有关情况进行实地核查并提出初步意见。对符合认定条件的，乡镇人民政府（街道办事处）主要负责人应明确签署“情况属实”意见及签名，加盖公章后上报县级民政部门。
审批
县级人民政府民政部门认真审核申请材料，提出核定、审批意见。
县级民政部门应对乡镇申报的申请材料，进行审核并报市民政局审批，符合条件的由乡镇输入全国儿童福利信息系统进行上报，对审核不符合条件的，要通知乡镇，告知申请人不符合原因。
发证
县级民政部门对批准认定为孤儿的发放《儿童福利证》，将其纳入孤儿保障范围，从批准的下个月起开始发放孤儿基本生活费。
跨省通办
孤儿､事实无人抚养儿童认定受理“跨省通办”具体程序为：
儿童监护人向受理地乡镇（街道）提出孤儿､事实无人抚养儿童认定申请。
受理地乡镇（街道）告知申请人所需材料，并对申请材料进行形式审查、身份核验等。
受理地乡镇（街道）将相关信息推送至申请人户籍地的乡镇（街道）。
申请人户籍所在地乡镇（街道）收到推送材料后提出初步意见，并上报区县级民政部门。
区县民政部门完成审核，并将审核结果反馈给受理地乡镇（街道）。
认定为孤儿､事实无人抚养儿童的，由户籍地民政部门按规定及时为其发放基本生活费､基本生活补贴。
建议：
监护人应确保申请材料的真实性和完整性，以便顺利通过审核和审批。
乡镇人民政府（街道办事处）和县级民政部门应严格按照规定程序进行审核和审批，确保孤儿认定工作的公正性和及时性。