签订工程合同的程序一般包括以下几个步骤：
立项
由业务主管部门或建设单位提出项目建议书，对工程方案、选址、资源、资金筹措、经济效益提出初步设想，并报国家计划部门批准。
进行可行性研究
项目建议书被国家计划部门批准后，成立筹建委员会，委托有关机构对工程方案、选址、资源、资金筹措、经济效益进行可行性研究，编制计划任务书，并报国家计划部门审批。
订立勘察、设计合同
勘察、设计合同的内容包括提交有关基础资料和文件（包括概预算）的期限、质量要求、费用以及其他协作条件等条款。
订立施工合同
勘察、设计合同履行后，依据被批准的技术设计、施工图和总概算等订立建筑、安装合同。施工合同的内容包括工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围、质量保证期、双方相互协作等条款。
合同审核与签署
合同预算部负责起草合同，参与谈判，组织会签，并对合同的履行进行评价。工程部、物质采购部、财务部、法律顾问和主管领导分别对合同的不同方面进行审核，最终由总经理审定批准并签署合同。
合同备案与执行
合同签订后，需要在合同管理部门备案并缴纳印花税。在合同履行过程中，应以书面形式记录关于工期、造价和质量的有关决定，并确保双方信函来往的有效形式和及时签收。
这些步骤确保了工程合同的合法性、有效性和可执行性，为工程的顺利进行提供了法律保障。建议在实际操作中，各参与方应严格按照上述程序进行，以确保合同的顺利签订和履行。