证券稽查的程序主要包括以下几个步骤：
分工与初步调查
证监会各业务部、室负责其主管业务范围内的证券、期货违法违规行为（未立案者）的调查处理工作。
证监会稽查局负责组织对重大证券、期货案件，涉及多个部、室的综合性案件和跨省、跨部门综合性案件以及证监会领导交办的案件进行调查工作。稽查局还可将部分案件转交地方证券、期货监管部门调查处理。
立案
任何单位和个人对证券、期货违法违规行为的控告和检举，证监会都予以受理。
证监会各部、室对于举报或外单位转来的材料以及日常监管中发现的问题，应迅速进行审查或初期调查。
经审查或初期调查认为需要立案查处的，应当填写立案建议表，附上相关材料（检举材料、控告材料等）报分管副主席批准后，由稽查局立案组织调查。
对已立案的证券、期货案件，因情节严重，需要采取紧急措施的，经证监会主席或主席授权副主席批准，可依法暂停被调查人从事证券、期货活动或依法采取其他措施。
调查
对已立案的证券、期货案件，应根据案情指定专人或组成调查组，对案件实施调查。
调查取证应当由两名以上调查人员参加。调查人员认为自己与本案有利害关系或者有其他关系，应当申请回避。被调查人认为调查人员与本案有关或者有其他关系可能影响公正办案，有权申请有关人员回避。
调查时，调查人员应出示本人工作证和证监会的证明文件。
作出行政处罚决定
行政处罚决定由证监会的行政处罚委员会作出（目前该权力也下放到各地证监局，可自行作出行政处罚决定）。
行政处罚委员会委员由中国证监会的工作人员和证券、期货交易所等其他机构的专家组成，由中国证监会聘任，实行“主审—合议”的案件审理制度。
行政处罚案件由1名委员主审，2名委员合议。行政处罚委根据稽查部门的调查结果，作出行政处罚事先告知书，送达涉案单位及个人后，涉案单位及个人可以在3日内陈述、申辩、举证，并可以提出听证申请，最后，作出行政处罚决定书。
行政复议及行政诉讼
涉案单位及个人收到行政处罚决定书后，如不服，可以在60日内向证监会法律部提起行政复议，也可以不经复议，在六个月内直接向法院提起行政诉讼。
移送刑事诉讼程序
依据《最高人民法院 最高人民检察院 公安部关于办理证券期货违法犯罪案件的意见》，对于涉嫌犯罪的案件，证监会可以依法移送公安机关进行刑事诉讼。
此外，派出机构在决定立案后，应在立案后5个工作日内将相关材料报稽查一局备案，包括立案报备表、立案审批表、调查方案、检查报告、核查报告及其他有关材料。
这些程序确保了证券稽查工作的规范性和公正性，维护了证券市场的秩序和投资者的合法权益。