暂扣船舶需要遵循以下程序：
执法人员出示证件并表明身份
至少2名以上执法人员需出示相关证件，表明身份，以确认执行行为的合法性。
发现违法行为并制作行政强制措施凭证
执法人员发现当事人有涉嫌违法行为，依法应当采取行政强制措施的，应当制作行政强制措施凭证。
该凭证需报请市地方海事局分管副局长批准。
向当事人出具并送达强制措施凭证
向行政相对人出具并送达行政强制措施凭证，并告知其事实、理由、依据和依法享有的申请行政复议或提出行政诉讼的权利。
当事人接受处理并解除行政强制措施
当事人接受处理后，在规定时间内解除行政强制措施，并制作解除行政强制措施通知书，送达当事人。
结案归档
处理完毕后，相关案件应归档，以便后续跟踪和管理。
此外，如果是涉及海事纠纷，船舶扣押的申请应向船舶所在地的海事法院提出，并且必须以书面形式提出。申请书应包含请求事项、申请理由及要求的担保数额。同时，申请人还需提供身份证明、代理人的授权委托书及证据材料，并在需要时提供反担保。
总结来说，暂扣船舶的主要程序包括执法人员表明身份、制作并批准行政强制措施凭证、向当事人送达凭证并告知权利、处理完毕后解除措施并归档。若涉及海事纠纷，还需向海事法院提出申请，并提供相应的文书和担保。