司法确认程序存在的弊端主要包括以下几个方面：
适用对象不明确：
法律规定较概括，导致司法外调解组织出具的调解协议申请司法确认缺少直接法律依据。
程序复杂繁琐：
当事人需要提供完备的证明材料，否则需要补充，这增加了程序的复杂性和当事人的诉累。
适用率较低：
由于宣传不足、调解不规范等原因，司法确认制度的适用率不高。
宣传不到位：
人民群众对调解协议司法确认程序的知情度较低，导致许多当事人在达成协议后没有选择申请司法确认。
调解不规范：
调解形式和内容的不规范容易引发新的矛盾，影响司法确认的公正性和效率。
法官审查标准不统一：
目前没有统一的审查标准，导致法官在审查调解协议内容时存在随意性，可能引发司法不公。
恶意利用现象：
存在恶意利用司法确认程序确认非法利益的现象，损害了司法公正。
法条衔接不畅：
司法确认程序的立法规定不完整，法条衔接不够通畅，内容不够明确。
当事人救济机制欠缺：
司法确认裁定撤销、案外人申请裁定撤销、当事人申请裁定撤销等救济途径不健全。
虚假司法确认：
存在虚假司法确认的现象，影响了司法确认制度的公信力和权威性。
综上所述，司法确认程序在适用对象、程序繁琐性、适用率、宣传、调解规范性、审查标准、恶意利用、立法衔接、救济机制和虚假确认等方面存在诸多弊端，亟待进一步完善和改进。