代持股票的程序主要包括以下几个步骤：
签订代持协议
代持双方需签订书面的代持协议，明确双方的权利义务、代持股份的数量、代持期限等重要事项。该协议需经双方签字确认，具有法律效力。
工商变更登记
如果代持股份涉及到公司内部登记变更，如股东名称的变更等，需要按照公司章程的规定，向公司提交代持协议等相关材料，申请将代持股份登记在代持人名下或实际出资人名下，公司应按照规定进行相应的变更登记手续。
资金流转凭证
代持股份的资金流转应清晰可查，双方需保留相关的资金转账凭证、出资证明等，以证明代持股份的资金来源和实际出资情况。
股权转让手续
如果代持股份涉及到股权转让等交易行为，还需要按照股权转让的相关法律法规和公司章程的要求，办理股权转让的审批、备案等手续，包括签订股权转让协议、缴纳相关税费等。
保密工作
在代持过程中，应注意保密，避免让太多人知道代持的事情，以降低风险。
保留相关凭证
为避免后续可能出现的纠纷，建议保留与代持股份相关的所有凭证，如出资证明、代持协议、转账凭证等，以作为证明代持关系及各方权利义务的依据。
股东名册变更
如果代持股份涉及到股东名册的变更，需要按照公司登记管理的相关规定，向工商行政管理部门申请办理变更登记手续，将代持人的信息登记在股东名册中。
恢复股东身份
如果实际股东想恢复股东身份，需要经过半数股东同意，并签署无条件同意恢复股东身份的承诺书。
通过以上步骤，可以完成代持股票的程序。建议在实际操作中，咨询专业律师或相关机构，以确保所有程序符合法律法规的要求，避免潜在的法律风险。