工程结算的程序主要包括以下几个步骤：
工程竣工验收合格
每项合同所对应的工程施工完成后，包括总包、所有分包、材料设备等，都要进行四方验收。
四方验收
验收时除签发合格证书外，还应制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经乙方、监理、甲方工程人员、预算人员签认。
结算资料汇总与上报
每项工程验收合格后，按合同约定及时进行工程结算，乙方汇总整理所有结算资料，上报监理及甲方。
监理审核
监理负责审核结算资料的完整性，资料必须完整齐备符合竣工资料的验收要求，审核结果反馈给甲方乙方。
甲方预算审核
甲方的预算，原则上应该自己审核，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制，则可以由该公司负责审核，甲方的预算及工程人员配合完成结算工作。
核对与谈判
甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，重大分歧汇总上报各方主管领导解决。
达成一致与签发书面意见
双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，经同意后在结算书上签发书面意见。
结算付款申请与财务付款
结算完成后，由乙方提出结算付款申请，甲方预算审核后，由甲方主管领导签发后交财务付款。
此外，工程结算方式主要有以下几种：
分段结算：对于当年开工但当年不能竣工的项目，按照其工程形象进度划分不同阶段进行结算。
竣工后一次结算：规模较小的项目，竣工后一次结算的方式。
按月结算：即每个月结算一次。
双方约定的其他结算方式。
工程结算是一个严谨的过程，涉及多方协作和多次审核，确保工程进度和合同履行的准确性。建议在实际操作中严格遵循上述流程，以保证结算的及时性和准确性。