公务员停职的程序主要包括以下几个步骤：
提交申请
公务员需向所在单位提交书面申请，说明停职的原因及期限。
单位审核
单位对申请进行仔细审查，并提出意见和建议。
上报审批
单位将审核后的申请上报给上级主管部门进行审批。
上级主管部门审批
上级主管部门根据申请情况进行审查，并作出决定，然后将决定通知申请人和所在单位。
签订协议 （如适用）：
公务员与所在单位签订停薪留职协议，明确停薪留职期限、离职时间、工作安排等内容。
完成离职手续
公务员在离职前需完成交接工作、清理档案等离职手续。
需要注意的是，停职留薪期间，公务员不得私自离开岗位，否则会受到纪律处分。此外，停职并不等同于处分，而是属于检查阶段，公务员有权进行陈述和申辩。
建议在申请停职时，公务员应详细说明停职原因，并严格按照单位及上级主管部门的程序进行操作，以确保流程的合规性。