水利项目索赔程序通常包括以下几个步骤：
提出索赔要求
索赔方应在索赔事项发生后的28天内以书面信件正式发出索赔通知书，声明索赔权利。如果逾期再报，其索赔要求可能遭到拒绝。
报送索赔资料和索赔报告
在正式提出索赔要求后，索赔方应抓紧时间准备索赔资料，编写索赔报告，并在下一个28天以内正式提交索赔报告。如果索赔事项的影响是持续存在的，事态还在发展，则每隔28天报送一次补充资料。最后在索赔事项结束后的28天以内报送最终索赔报告，提出具体的索赔款额或工期延长天数。
协商解决索赔问题
协商是指合同双方在自愿、互让互谅的基础上，按照工程项目的合同文件，通过友好谈判解决工程中产生的索赔问题，因此也被称为协商谈判。
调解
当双方不能通过友好协商解决索赔问题时，可以按照施工合同专用条款的规定，请有关部门进行调解。调解人可以是双方都信任的个人（工程技术专家、律师、估价师等），也可以是一个专门的组织（工程咨询或监理公司、工程管理公司、索赔争端评审组、合同争端评委会等等），调解人按照政策、法规及施工合同的规定，在划分各方责任的基础上提出解决方案。如果双方同意调解方案并签字，那么调解完成。
诉讼
在双方和解不成，又没有仲裁协议的情况下，一方的当事人可以向有管辖权的法院提起诉讼。
具体流程细节：
索赔意向通知书
索赔事件发生后的28天内，承包人向工程师发出索赔意向通知，说明索赔事件的事由。
索赔报告及相关资料
在发出索赔意向通知后的28天内，承包人向工程师提交详细的索赔报告及相关资料，包括延长工期和补偿经济损失的金额、计算依据及证明材料。
工程师审核
工程师在收到承包人送交的索赔报告和有关资料后，于28天内给予答复，或要求承包人进一步补充索赔理由和证据。如果工程师在28天内未予答复或未对承包人作进一步要求，视为该项索赔已经认可。
持续索赔的处理
如果索赔事件持续进行时，承包人应当阶段性向工程师发出索赔意向，并在索赔事件终了后28天内，向工程师提供最终的索赔报告及有关资料。
协商与调解
工程师与承包人进行协商，如果协商不成，可以请有关部门进行调解。调解达成协议后，双方应签字确认调解方案。
最终决定与执行
工程师确定一个合理的处理意见（如单价或价格），报送业主并通知承包人。承包人接受最终决定后，索赔程序结束。如果承包人不接受最终决定，可以进一步通过协商、调解或诉讼解决。
法律依据：
《民法典》第五百七十七条：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
《建筑法》第六十七条：承包单位将承包的工程转包的，或者违反本法规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级。
以上是水利项目索赔的基本程序，具体操作过程中应严格按照合同条款和相关法律法规进行。