小程序监管的难点主要包括以下几个方面：
数量庞大，难以实时全量监测
小程序数量已达百万级，平台难以做到实时全量监测。尽管微信、支付宝等平台设有“用户隐私和数据规范”章节，但实际执行中仍存在挑战，例如，逾六成被测小程序未提供独立的隐私政策，94%未告知如何关闭已授权权限路径。
开发门槛低，监管难度大
小程序大多门槛较低，简单开发即可上线运行，这导致缺乏必要的科学监管。一些小程序通过非微信接口收集用户信息，增加了平台管理的难度。
平台与小程序之间的关系不明确
微信、支付宝等平台与小程序之间并非网络交易平台与入驻卖家的关系，平台对小程序经营者的经营资质、内容、发布信息没有事先审核的法定义务，仅依靠关键词过滤部分违法信息，管理上存在不足。
违法成本低，维权难
小程序上线容易、下线简单，给不法商家提供了打一枪换一个地方的机会。消费者在维权时面临困难，平台监管责任不明确，导致消费者合法权益难以保障。
安全性和合规性问题
小程序存在较多的安全风险，如程序源代码暴露关键信息和输入敏感信息时未采取防护措施。这些问题需要从根本上改革现有的小程序开发及上线机制，设置严格的准入资质审核和内容审查机制。
法律法规执行力度不足
尽管有相关法规和规范，但在实际执行中，许多小程序平台未能严格执行，导致违法违规行为频发。平台需要进一步强化政策法规宣传教育和经营行为前置监管，确保小程序的合法合规运营。
综上所述，小程序监管的难点在于数量庞大、开发门槛低、平台与小程序关系不明确、违法成本低、安全性和合规性问题以及法律法规执行力度不足。要有效应对这些难点，需要从制度、技术、监管等多方面入手，提高小程序的合规性和安全性，保障消费者的合法权益。