制定文件的程序通常包括以下几个步骤：
提议
全体员工可以根据上级主管部门的要求或生产、经营管理过程中的实际情况提出制定、修订或撤销文件的要求或建议。
提议人填写“制定/修订/撤销文件提议表”后，交与对该文件内容承担主要责任的部门（即文件颁发部门）负责人。
如果不能确定文件内容承担主要责任部门，由分管副总经理指定。
审核与起草
文件颁发部门相关负责人审核制定文件的要求或建议，并指定日后负责该文件内容的管理或执行人员为文件的起草人。
起草人依据文件性质制定文件名称，并报至文件系统管理员进行文件编码及登记。
起草人根据文件制定要求在规定时间内完成文件起草工作，并制定相关记录类文件。
会审
起草人确定会审的部门或人员，包括文件相关使用和主管部门、质量管理部门（如涉及GMP）、分管副总经理等。
会审部门或人员对文件内容进行审查和讨论，确保文件内容符合相关法律法规和实际需求。
审批
操作类文件由部门经理（主任）批准，管理类文件由分管副总经理批准。
审批过程中应确保文件内容符合审批权限和程序要求。
编码与登记
文件系统管理员根据《文件编码标准操作程序》对文件进行编码及登记。
发布与备案
文件颁发部门将制定好的文件发布给相关部门和人员，确保文件的广泛传播和执行。
文件制定后，应按照相关规定进行备案，以便日后管理和跟踪。
此外，对于规范性文件，还需要执行以下程序：
征求意见
广泛听取意见，可以通过座谈会、论证会、公开征求意见等方式进行。
涉及重大公共利益、公众有重大分歧、可能影响社会稳定或法律、法规、规章规定应当听证的，应当组织听证。
合法性审查
由制定机关的法制机构负责合法性审查，审查内容包括制定主体、权限、程序、内容、形式是否合法。
法制机构提出合法性审查报告，对发现的问题提出处理建议。
集体审议决定
制定对公民、法人和其他组织的权利义务产生直接影响的规范性文件，应当由制定机关负责人集体讨论决定。
由制定机关主要负责人或其委托的负责人签署。
公开发布
规范性文件应当向社会公开发布，以便公众知晓和执行。
公布方式可以包括政府公报、部门公报、在全国范围内发行的报纸等。
这些程序确保了文件的制定过程科学、规范、合法，并且能够有效执行和监督管理。