调程序省油的缺点主要包括以下几点：
对汽油品质要求更高：
刷程序后，发动机超频运转需要使用品质更高的汽油，如95号汽油，而不是原本的92号汽油。这会增加车辆的运行成本。
对温度要求更高：
发动机超频工作对冷却系统的要求更高，需要更好的散热条件，否则可能会影响发动机寿命。
4S店拒保：
如果刷了程序的车辆损坏，4S店可能会拒绝提供质保服务，因为刷程序可能会被视为对车辆结构的改动，从而影响车辆的保险和保修。
综上所述，调程序虽然可能在短期内带来省油的效果，但长期来看可能会带来一系列问题，包括更高的燃油成本、对车辆冷却系统的更高要求以及失去4S店的质保服务。因此，在决定是否进行程序调校时，车主需要权衡这些潜在的缺点。