销毁档案的程序是由 国家档案主管部门制定的。具体来说，根据《中华人民共和国档案法》第二十一条的规定，鉴定档案保存价值的原则、保管期限的标准以及销毁档案的程序和办法，均由 国家档案主管部门负责制定。此外，《机关档案管理规定》中也有相应的规定，要求机关定期对已达到保管期限的档案进行鉴定处置，并形成鉴定工作报告。对于需要销毁的档案，应当按照规定的程序进行，包括编制档案销毁清册、相关负责人签署意见、在指定场所进行销毁、安排专人负责监销并签字确认等步骤。