牡丹的加工程序根据不同的用途和加工方法有所不同。以下是几种常见的加工工序：
剪纸工艺
准备：取一张色纸对叠两次，合成四层，或取四张色纸用书钉订好。
描图：在订好的纸上，用铅笔把图仔细地画好，注意花霜的层次，并标好月牙纹及锯齿纹的准确位置。
剪制：从花中心一霜下剪，然后一左一右地轮换剪，每剪完两个瓣，紧接着再剪两个霜上面的月牙纹，这样有顺序地剪才不易剪坏。剪牡丹叶时，要注意它的外形，是由几条流畅的曲线组成的尖角，并且是每个叶上形成三个叶瓣。
白牡丹的加工
萎凋：利用阳光日晒完成，鲜叶需要均匀薄摊在水筛上，不可重叠。当鲜叶失水约90%时，放在火笼中烘干，制成毛茶。
精加工：包括人工捡剔、控温、蜡叶、红张、暗张等工序，最后再低温烘焙干燥，趁热进行拼合装箱。
雕刻工艺
勾勒线条：用笔简单勾勒出牡丹花的线条。
雕刻细节：用牙针、三棱尖针、蘑菇头、旋转锉掏出牡丹花的细节。
牡丹籽油的加工
清理：去除沙石、泥土、茎叶等杂质，提高出油率。
剥壳：提高出油率，减少油分损失，提高油脂质量和饼粕质量。
炒制：通过温度和水分的作用，使油料细胞受到彻底破坏，蛋白质变性，油脂聚集。
压榨：将炒制后的牡丹籽进行压榨，提取油脂。
牡丹根的加工
晒干：将剪下的牡丹根晒干，制成商品丹皮。
刮皮：将皮色较差的根条用玻璃片或碎瓷片刮去外表粗皮，晒干后成为商品的刮丹皮。
江山绿牡丹的炒制工艺
鲜叶摊放：将鲜叶均匀摊放。
杀青：通过高温破坏鲜叶中酶的特性，制止多酚类物质氧化。
轻揉：利用外力作用，使叶片揉破变轻，卷转成条。
理条：使叶片整齐排列。
轻复揉：再次揉捻，进一步塑造外形。
初烘：进行初步烘干。
复烘：进行二次烘干，提高茶叶品质。
温和型牡丹丹皮加工方法
抽木质部、剥表皮：将牡丹根原料抽出木质部，剥下外部表皮。
冲洗、漂洗：用洁净的水冲洗后，放入热水中快速漂洗。
冷却、润湿：将表皮置入密闭容器中冷却和润湿。
切片、除水：将表皮切成一定厚度，风干表面水分后，放入真空除水设备中除水。
包装、储藏：将除水后的牡丹皮用塑料袋密封包装，并置于干燥、低温处储藏。
牡丹花蕊茶的加工
原料采收：选用凤丹雄蕊为原料，采摘时间以处圆桃期前的花蕾为宜。
滚筒杀青：使用滚筒式杀青机进行杀青，控制温度和时间。
高温烘干：进行三次烘干，控制温度和时间。
成品包装：将烘干的雄蕊进行真空包装，保持其醇香和天然特性。
这些工序展示了牡丹从原料选择到最终产品的多种加工方法，每种方法都有其独特的工艺步骤和目的。