申请农村低保的程序主要包括以下几个步骤：
申请
由户主通过村民委员会向居住生活所在的乡镇人民政府提出书面申请，并提供有关证明材料，如户口簿、身份证、收入证明、财产证明等。
如果户主因特殊原因无法申请，可以委托其他家庭成员或村（居）委会代为申请。
初审
村民委员会收到申请书后，组织村民代表开展民主评议，并对申报对象的家庭情况进行初审。
初审结果在村公示3—5天，并指导申请人填写《农村居民最低生活保障待遇申请审批表》，连同申请人提交的全部材料报乡镇人民政府。
审核
乡镇人民政府在校验申请人上报材料齐全后，正式受理申请人的申请，并立即组织入户核查。
对于符合条件的对象，提出补助意见，由村民委员会进行第二榜公示3—5天。
对不符合条件的由乡镇人民政府通知申请人，对符合条件的上报县级审批管理机关。
审批
县级民政部门收到上报申请材料后，立即组织入户核查、复审，进行依法审批。
对符合享受农村低保待遇的，通知所在村民委员会再次公示第三榜3天。
对无异议的对象发给《农村居民最低生活保障金领取证》及保障金领取存折，对不符合享受农村低保待遇的书面通知申请人。
发放低保金
县级民政部门将审批结果交由乡镇政府或委托村委会，在村委会公示栏再次公示不少于3天。
无异议的，县级民政部门发给低保证及低保金领取卡，从批准之日下月起实行按季度银行化发放低保金。
在整个申请过程中，申请人需要保持与相关部门的沟通，按照要求提供所需材料，并配合相关部门进行调查和核实工作。