组织职能的程序主要包括以下几个步骤：
职能分析
确定组织应该具备的基本职能及其结构，包括企业的经营职能和管理职能的设计。
对各子系统的职能进行总体设计。
职能调整
充实已有职能。
增加新的职能。
转移或重新确定职能的重心。
职能分解
将已经确定的职能按照一定的逻辑关系，逐步进行细分细化。
将总职能分解为若干相对独立的易于操作的具体业务活动。
组织设计
根据公司的业务内容及业务范围，确定公司的外部客户名单，识别外部客户的相关职能及相关要求。
根据公司的业务流程检讨主导业务流程，明确业务部门的流程范围。
根据业务部门的需求，明确支持性部门（职能部门）的业务内容，并划定相关职能部门的业务范围。
确定各部门的名称及业务范围，并将职能相近的部门归属统一管理。
部门工作职能分解
各职能部门根据公司的组织架构图要求，明确部门直接上级和下属部门，描述公司赋予一级中心（或部门）的一级工作职能，并写“工作职能描述”栏。
公司各部门组织进行部门工作内容盘点，明确部门的事级工作职能，并对事级工作职能的工作流程进行整理，完成相关的工作内容（三级工作职能）。
各部门管理者共同检认部门之间的职责是否存在交叉或空白等问题，并明确部门各工作职能的权限范围，各部门负责人按《职位管理规范》的要求进行岗位设置和人员编制，并完成各个岗位的《岗位说明书》。
建立并维持组织结构
设计、建立并维持一种科学的、合理的组织机构，是为成功地实现组织目标而采取行动的一个连续的过程。
这个过程由确定组织目标、对目标进行分解、拟定派生目标、明确各项业务工作或活动、根据可利用的人力物力划分各类业务工作或活动、授予执行各项业务工作或活动的各类人员以职权、通过职权关系和信息系统把各层次、各部门联结成为一个有机整体等步骤组成。
考虑组织的动态性
组织结构不是一成不变的，而是随着组织内外部要素的变化而变化的。
需要根据环境条件的变化，不断地修正目标，并对组织结构作出适应性的调整。
重视非正式组织
非正式组织在满足组织成员个人的心理和感情需要上，比正式组织更有优越性。
主管人员应有意识、有计划地促进某些具有较多积极意义的非正式组织的形成和发展，使其成为正式组织的辅助。
这些步骤共同构成了组织职能管理的完整程序，旨在明确各部门工作职责，保证管理目标的有效实施，并提高工作效率。