调查程序存在的问题主要包括以下几个方面：
合法性问题
调查程序的法律依据不足，缺乏统一标准。
行政机关的执法水平不高，工作人员法律意识淡薄，执法随意性大。
行政机关执法程序不规范，监督机制不健全，导致执法不严、违法不究。
公正性问题
调查程序不透明，缺乏公开性，存在偏见和歧视现象。
调查结果缺乏公正性和客观性，监督机制不完善，问题难以被及时发现和解决。
效率与效果问题
调查程序过于复杂，导致调查效率低下。
信息不对称问题，影响调查结果的准确性。
数据收集与处理问题
数据收集的偏差，可能由于研究人员的主观偏见或问卷设计问题导致。
数据丢失或失真，可能由于技术问题或人为错误导致。
存在对受访者干扰的问题，如受访者可能感到危险或受到歧视。
具体调查程序问题
某些调查程序如法庭调查或行政处罚程序中，存在对证据收集和处理不规范的问题，如不注重收集关键证言、实物证据，或鉴定意见和勘验检查不规范等。
事故调查问题
事故调查的基本流程中，准备阶段、调查阶段、分析阶段、审查阶段和处理阶段需要进一步明确和规范。
问卷调查研究问题
问卷调查实施中，问卷设计不良、缺乏对被调查人员的必要解释、参与调查的人员主观上不重视等问题。
综上所述，调查程序在合法性、公正性、效率与效果、数据收集与处理等方面均存在不同程度的问题。建议从完善法律依据、加强执法人员的培训和管理、提高调查程序的透明度和公开性、规范数据收集和处理流程等方面进行改进，以确保调查工作的公正性、客观性和有效性。