申请小麦配额的程序如下：
提交申请 ：申请企业于2024年10月15日至10月30日通过国际贸易“单一窗口”粮食进口关税配额管理系统线上填写并提交申请材料。材料审核：
国家发展改革委委托相关机构于2024年11月15日前将企业申请转报国家发展改革委，并抄报商务部。国家发展改革委还会对申请企业信息进行公示和核查。
申请条件
具有种用粮食经营资格的企业。
2023年10月1日前在市场监督管理部门登记注册，没有违反《农产品进口关税配额管理暂行办法》的行为。
申请材料
省市商务主管部门申请文件。
农业部审批文件及经营资格。
出口合同（如适用）。
审核与分配
相关管理机构负责配额的分配，依据申请情况授予。
对于有进口实绩的申请者，可优先获得配额；无进口实绩的申请者，将以其加工能力或经营数量等为主要依据，按比例分配进口关税配额量。
获得配额证明：
获得配额后，企业需要申请进口许可证，并完成海关的申报及放行程序。
未使用完的配额处理：
对于未使用的配额，企业需适时归还至配额管理部门。
建议企业在申请小麦配额时，确保所有材料齐全且符合要求，并提前通过国际贸易“单一窗口”系统进行申请，以确保申请的顺利进行和配额的及时分配。