建筑款缴税程序主要包括以下几个方面：
项目税务登记
建设单位在从事基本建设项目和技术改造工程项目时，需向项目所在地的税务机关申报办理税务登记手续，并填写一式四份的建筑税纳税登记表，送交税务机关审核后自留一份。
税务变更登记
建设单位在发生建设项目改建、缓建、停建或其他需要改变税务登记的情况时，应在有关部门批准之日起三十日内，向主管税务机关申报办理变更登记。
预交税款流程
建筑服务预交税款流程包括：
分包方按预缴款流程预缴税款后开具建筑服务发票。
总包方收到分包方的建筑服务发票后，在省税务局网上平台申请“跨区域涉税事项报告表”（俗称“外经证”）。
向服务发生地税务机关提交相关资料，包括跨区域涉税事项报告表、增值税预缴税款表、建筑合同复印件、分包合同复印件、分包方发票复印件等，审核无误后，税务机关打印完税凭证，缴纳税款。
纳税申报
在建筑服务发生地预缴税款后，总包方需向机构所在地主管税务机关进行纳税申报，计算当期应纳税款，扣除已预缴的税款后的余额在机构所在地缴纳。
其他税种缴纳
建筑行业在收取工程款项时，还需缴纳增值税、企业所得税和个人所得税。
增值税的税率根据项目类型不同分别为17%、9%或3%。
企业所得税的税率通常是固定的，但具体数值可能会根据不同地区的税收政策有所变动。
个人所得税需代扣代缴，税率在20%-40%之间。
特定情况下的缴税
对于个人收取的工程款，需按规定缴纳税费，通常包括劳务报酬所得税，税率在20%-40%之间。长期合作的个人可以通过成立个体工商户享受个税核定的政策。
进项税和销项税管理
进项税的认证期限为每个月的申报期之后至月底，销项税的抄税期限为每个月1-9号，网上申报的期限为每个月1-15号。
预收款预缴
纳税人提供建筑服务取得预收款时，应在收到预收款时预缴税款。预收款预缴有助于平衡税款入库的时间性差异。
转让在建项目的税务处理
转让在建项目时，应按“转让无形资产”税目中“转让土地使用权”项目征收增值税，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续。
建议：
建设单位应严格按照相关税收法规进行税务登记和纳税申报，确保及时、准确地缴纳税款。
建筑企业应充分利用电子税务局等信息化手段，提高办税效率，确保预交税款和纳税申报的及时性和准确性。