对违纪学生进行处分的基本程序如下：
及时了解情况与批评教育
班主任在发现学生违纪现象后，应及时调查、取证，并对学生进行耐心批评教育，责成学生书面说明事情经过和认识。同时，班主任需联系家长并向年级部汇报，做好家长沟通工作，并提出初步处理意见。
年级部调查与意见提出
年级部在了解事情后，协助班主任进行思想教育工作，对提供的材料和意见进行调查、核实，并提出年级部的处理意见。年级部还需做好家长的思想工作，取得家长配合，并将相关材料整理后上报学生处。同时，对受处分学生要加强跟踪与教育，定期与他们沟通交流。
学生处审核与决定
学生处对年级部提供的材料和处理意见进行审核，提出处理意见，报学校校务会议讨论决定。校务会议通过后，学生处负责宣布处分决定，并在校内进行公示。必要时，学生处还需协助年级部做好受处分学生与家长的思想工作。
处分种类与程序
学生处分分为警告、严重警告、记过、留校察看、开除学籍等五类。不同处分有不同的程序，例如，开除学籍需由政教处出示材料，经校长办公会议讨论决定，并报教育行政部门批准。开除学生学籍前，政教处需事先通知家长，并在校内公布处分决定。
申诉程序
违纪学生在接到处分决定后，有权在规定时间内向学校学生申诉处理委员会提出书面申诉。申诉处理委员会在接到申诉书之日起15个工作日内作出复查结论，并告知申诉人。如果学生对复查决定仍有异议，可在规定时间内向省级教育行政部门提出申诉。
特殊程序
对于开除学籍等严重处分，需由校长会议研究决定，并报省级教育行政部门备案。此外，对于开除学籍的学生，学校还需在处理决定宣布之日起15日内协助学生办理完离校手续。
这些程序旨在确保处分的公正性、透明性和合法性，同时充分保障学生的申诉权利。