农村小院改造程序一般包括以下几个步骤：
了解当地政策和法规
详尽了解所在地区的拆迁政策和相关法律法规，确认小院是否满足拆迁改造的具体要求及标准。
提交拆迁改造申请
向当地的乡镇人民政府或相关行政管理部门提出正式的拆迁改造申请，并提供小院所相关的材料，例如土地使用权证书和房屋所有权证明等。
在申请中详细阐述改造的缘由、目标、详细规划，以及拆迁后的用途和相关安置分流方案。
等待审核和批准
耐心等待相关部门的严格审核和批准。期间可能需要参与现场勘察和估值等环节。
拆除和改造
一旦申请获得批准，需依照既定的规范流程和要求，负责开展拆除和改造的实质性工作，确保施工过程中的安全性和合规性。
施工和验收
按照改造规划和设计方案进行施工，完成后需经相关部门检验，符合规定后方可办理房屋所有权证。
申请相关许可证
若涉及城市规划区域内的改建，需获得规划部门开具的改建房屋选址意见和《规划许可证》。
若位于城镇规划区域以外，需先向土地管理部门提交建筑面积变更申请并得到审批后才能开始施工。
改造过程中的其他注意事项
在改造过程中，建议与当地各级政府机构及相关部门保持紧密的联系与沟通，确保申请的各项工作能够顺畅有效地展开。
考虑合理利用自然资源，如从附近河流搬运石头和沙子，以节约成本并营造自然和谐的中式庭院。
通过以上步骤，可以确保农村小院改造过程顺利进行，并符合相关法律法规的要求。