日本植物进口需要遵循一系列严格的程序，以确保不会对国内生态环境造成破坏。这些程序主要包括以下几个方面：
植物检疫证书
进口植物及植物产品必须随附出口国政府机构颁发的植物检疫证书，证明其不带有日本禁止的病虫害。
进口检查
进口植物需接受日本农林水产省和劳动厚生省下属检疫站的检查，以确认其符合《植物防疫法》等相关法律法规的要求。
禁止入境规定
某些特定病虫害发生国家或地区的植物及植物产品被禁止入境日本，例如地中海实蝇或桔小实蝇、苹果蠹蛾等危害较大的病虫害。
检疫审批
进口单位或个人需提前向农林部门申请办理国外引种检疫审批手续，并在进境前取得《引进种子、苗木检疫审批单》。
备案登记
进口企业需在苗木进口前向海关申请备案登记，确认是否具备进口资质，包括独立法人资格、有害生物监测与控制措施、溯源及流向管理制度等。
报关报检
进口植物需办理报关报检手续，提供包括进出口权、原产地证、植检证、检疫审批单、报关报检委托书、箱单、发票、合同、提单等相关文件。
入境报关与检查
进口植物在入境时需进行报关，并接受检查。若检查不合格，可能需要进行检疫处理或退运。
隔离检疫种植
合格的植物在入境后可能需要进行隔离检疫种植，以确保其不带有病虫害，期满后方可销售使用。
食品安全与标准
进口植物还需符合《食品卫生法》和《农林物质标准化及质量标识管理法》（JAS法）等相关法律法规的要求。
其他相关文件
根据具体植物种类和进口情况，可能还需要提供其他相关文件，如植物种质资源证明、检测报告等。
建议：
进口商应提前了解并遵守日本的相关法律法规，确保所有必要的文件和手续都完备。
与专业的报关行或货运代理合作，以确保进口过程顺利且符合规定。
定期关注日本农林水产省等官方机构发布的最新政策和要求，以便及时调整进口策略。