公司回扣报备程序通常包括以下几个步骤：
签订回扣协议
与提供回扣的合作伙伴签订正式的回扣协议，明确回扣的计算方式、支付时间及条件等。
税务申报
企业应保存回扣收据，同时遵守相关的报税要求，如保留发票、保留相关税收申报资料、按时履行申报、缴税等义务。
发票问题处理
如果存在发票问题，企业可以选择与财税平台合作，如比安财穗，来解决发票问题，确保“四流一致”并完税。
内部调查与证据收集
如果企业怀疑员工拿回扣，应当先向当地公安机关报案，并提供尽可能详细的信息和证据，如交易合同、银行转账记录等。
在立案后，企业需要积极配合公安机关的调查，提供更多的证据。
法律程序
如果证据充足且达到立案标准，公安机关会展开调查，并根据实际情况决定是否立案。
员工收取贿赂的行为可能触犯《中华人民共和国刑法》第一百六十三条规定的“非国家工作人员受贿罪”，属于公安机关管辖范畴。
建议企业在处理回扣问题时，应严格遵守相关法律法规，确保合法合规，并在必要时寻求专业法律支持。