法院开除员工的程序流程主要包括以下几个步骤：
认定员工严重违纪
用人单位需依据合法有效的规章制度，且该规章制度必须经过民主程序制定，不违反国家法律规定、行政法规及政策性规定，并向劳动者公示。这是法院审理劳动争议案件的重要依据。
公示规章制度
用人单位应将涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或告知劳动者。未公示或未告知的规章制度不能作为辞退劳动者的依据。
提供证据证明严重违纪
用人单位必须有证据证明劳动者严重违反规章制度。实践中，要求劳动者做出书面检讨、解释、说明和承诺，留档备查是最有效和便利的方法。
履行通知工会和本人的程序
用人单位在决定开除员工时，需通知工会，并将解除劳动合同的理由告知本人。这是保障劳动者权益的重要步骤。
解除劳动合同
用人单位应向劳动者发出解除劳动合同的通知，并出具解除劳动合同的证明。
办理档案和社会保险关系转移手续
用人单位需为劳动者办理档案和社会保险关系的转移手续，包括团、工会组织关系和档案等。
结算工资福利和其他未了事宜
用人单位应与劳动者结算工资福利和其他未了事宜，确保劳动者在离职手续上签字领取相关款项。
办理社会保险和公积金转移手续
用人单位还需为劳动者办理社会保险和公积金的转移手续。
通过以上步骤，用人单位可以合法有效地开除员工，并确保整个过程的合法性和透明度。建议用人单位在实施开除程序时，严格按照相关法律法规的规定进行操作，以保护劳动者和用人单位的合法权益。