程序化交易的缺点包括：
成本高：
无论是从市场上买还是自己开发，成本都非常高。
依赖于稳定的网络环境：
EA交易系统需要长时间挂机，如果出现信号不好或者服务器延时等情况，会造成差错，可能有损失。
效果不确定：
很多自己开发的EA交易系统在测试中可以盈利，但在实盘中大多数会爆仓。
不够灵活：
毕竟是人生产出来的东西，不能应对一些意外例如黑天鹅事件，不能灵活做调整。
鱼龙混杂：
很多机构打着稳赚不赔的旗号宣传自己的交易系统，但其实可能就是一场骗局。
出现大幅的资金回撤：
有些程序化交易模型从长期看是盈利，但是短期内可能会出现巨幅的资金回撤。
或将加剧金融风险：
例如，1987年美国股市暴跌的罪魁祸首一度被认定是期现市场的程序化交易。
无法预测市场的反转：
当市场处于无趋势状态时容易造成结果不佳。
建模难度大：
没有长期交易经验的交易者建模难度较大。
系统时效性：
系统具有一定的时效性，需要定期评估修正。
技术门槛高：
程序化交易需要具备一定的编程知识和技术能力，而且需要不断地学习和更新交易策略，以适应市场的变化。
容易产生过度优化：
程序化交易容易过度优化交易策略，过度追求短期收益而忽略长期收益的稳定性。
需要专业维护：
程序化交易的交易策略需要专业人员进行维护和更新，以确保其正常运转。
无法应对突发事件：
程序化交易无法应对突发事件，例如市场崩溃、技术故障等，可能会导致交易策略失灵。
不稳定性：
程序化交易系统并不能万能的，总会在特定的时候出现问题。
技术门槛高，不能平民化：
程序化交易技术门槛高，对使用者的编程基础有一定要求，未能大众化。
这些缺点使得程序化交易虽然具有高效、克服人性弱点等优点，但也存在不少挑战和限制。投资者在选择程序化交易时，需要全面评估其优缺点，并结合自身的交易经验和风险承受能力做出决策。