扣押证件需要遵循以下程序：
审批权限
扣押物证、书证必须经过办案部门负责人批准，若扣押物品价值较高或可能严重影响正常生产经营，则需经县级以上公安机关负责人批准。
执行人员
扣押物证、书证只能由侦查人员进行，侦查人员可以在勘验、检查和搜查中进行，也可以单独进行，但应持有侦查机关的证明文件。
扣押范围
扣押的物证、书证范围仅限于可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种物品和文件，与案件无关的物品、文件不得随意扣押。
见证人和持有人
应当会同在场见证人和被扣押物品的持有人查点清楚，当场开列清单一式两份，写明物品或者文件的名称、编号、规格、数量、质量、特征等，由侦查人员、见证人和持有人签名或者盖章。
当事人权利
持有人及其家属在逃或者拒绝签名时，不影响扣押的进行，但应当在扣押清单上注明。
物品保管
对于扣押的物品、文件，侦查机关应当妥善保管或者封存，不得使用或者损毁。涉及国家秘密的，应当严格保守秘密。
扣押通知
侦查人员认为需要扣押犯罪嫌疑人的邮件、电报时，经公安机关或人民检察院的批准，即可通知邮电机关将有关的邮件、电报检交扣押。不需要继续扣押时，应当立即通知邮电机关。
解除扣押
对于扣押的物品、文件、邮件、电报或者冻结的存款、汇款，经查明确实与案件无关的，应当在3日以内解除扣押、冻结，退还原主或者原邮电机关。
这些程序旨在确保扣押行为的合法性、公正性和透明度，同时保护当事人的合法权益。