上传网站程序可以使用以下几款软件：
FileZilla：
这是一款免费开源的FTP客户端程序，支持多线程上传，界面简洁，适合国内大部分服务器和空间使用。
CuteFTP：
这是一款商业级FTP客户端程序，提供HTML在线编辑功能，传输迅速，但需要注册，可以免费试用30天。
FlashFXP：
这是一款使用量最广泛的FTP工具，融合了其他优秀FTP软件的优点，如文件夹比较、多文件夹选择文件、缓存文件夹、自定义文件类型显示颜色等。
WinSCP：
这是一款支持SSH的SCP文件传输软件，适用于通过SSH协定进行文件传输，操作界面参考NC（Norton Commander）的双视窗排列方式。
LeapFTP：
这是一款功能强大的FTP工具，具有类似FlashFXP和CuteFTP的多种功能，如文件夹比较、多文件夹选择文件、缓存文件夹等。
8uFTP：
这是一款轻量级的FTP客户端软件，支持多线程上传，适合新手站长使用。
Aurigma Upload Suite：
这是一款收费的图片/文件批量上传工具，支持云端存储和客户端文件处理，具备断点续传功能。
Multiple File Upload：
这是一个基于jQuery的多文件上传插件，可以轻松将单个或多个文件上传到网站上。
AjaxFileUpload：
这是一个Ajax文件上传工具，通过PHP实现文件上传进度条，操作简单。
Styling inputs with css and dom：
这是一个样式文件输入工具，提供标记、CSS和JavaScript，旨在解决设计师无法精细表达设计思想的问题。
根据以上推荐，如果你需要一款免费且功能全面的FTP客户端， FileZilla是一个非常好的选择。如果你需要更多高级功能或商业支持，可以考虑 CuteFTP或 FlashFXP。对于需要SSH支持的文件传输， WinSCP也是一个不错的选择。根据具体需求选择合适的工具可以提高上传网站程序的效率和便利性。