恶意请假程序通常指的是 员工在没有合理理由的情况下，通过伪造或篡改病假证明等方式，骗取病假的程序。这种行为严重违反了用人单位的规章制度，用人单位在查证属实后，有权解除与该员工的劳动合同，并且员工无权要求经济补偿金。
具体处理方式可能包括：
核实病假真假：
用人单位可以到医院核实病假的真假，一旦发现虚假或修改过的病假单，可以立即根据员工手册的规定予以合法解除劳动合同。
解除劳动合同：
员工恶意请病假属于严重违反单位规章制度，用人单位可以根据情节严重程度、假期天数较长等情况进行解除劳动合同。如果员工串通医生开虚假病条，企业可按照严重违纪直接解除劳动关系。
罚款与其他后果：
雇主还可以根据情节严重程度对员工进行罚款，并要求员工至指定医院就诊，查实后立即解除劳动关系。
建议在劳动合同中明确规定对于伪造疾病诊断书以骗取病假的恶劣行为的处理方式，并在员工手册中详细规定虚假病假属于严重违纪可以立即解除合同的规定，同时确保这些规定经过员工民主程序通过，并召集员工学习并签名。