建筑审计的程序主要包括以下几个方面：
审前准备工作
收集工程相关的文件资料，如施工合同、招投标文件、编制标底等，这些是工程决算编制的指导性文件。
熟悉竣工图纸，核对所有图纸，确保无误后依次识读。
了解决算包括的范围，例如配套设施、室外管线、道路及图纸会审后的设计变更等。
建设项目跟踪审计程序及相关要求
在建设项目正式立项时，将其纳入审计视野，关注各项前期准备工作，正式进点时间可安排在即将正式开工前。
审计组应在项目现场设立办公场所，与被审计单位建立定期例会制度，参加被审计单位的重要例会，及时了解、掌握项目有关情况，提出审计意见，并做好会议记录。
对中标合同价进行控制，不允许施工现场随意变更设计、增项、减项、扩大工程造价。
审计组成员应经常深入施工现场，掌握工程进展、变更等真实情况，了解工程建设中涉及的有关技术问题，熟悉工程计量规则及有关费用的测算办法，并做好相关记录。
对各参建单位实际完成的工作内容、工作数量、工作质量进行核定，开具核定单。
根据跟踪审计实施方案的要求，要求被审计单位按照审计组规定的时间和方法报送工程结算资料，并及时确定审计结果。
其他相关程序
填写审计资料交接清单并进行登记，进行审前调查。
制定审计方案，草拟审计通知书并签发。
对审计程序、质量、进度进行跟踪检查，核对工程项目。
登记工程核定单，留档留存。
复核工程审计工作底稿，编写工程结算审核情况报告。
编写财务审计工作底稿，审计结案。
下达审计通知书，制定审计方案，组织实施审计，编写审计报告，交换审计意见。
这些程序旨在确保建筑工程的合规性、真实性和准确性，通过系统的审计流程，保障工程质量和资金安全。