修改Java程序可以使用以下几种方法：
使用文本编辑器
记事本或 EditPlus：对于初学者，可以使用这些简单的文本编辑器来修改Java源代码文件（.java）。它们支持基本的文本编辑功能，但可能不够强大，不适合大型项目或需要高级功能的情况。
使用集成开发环境（IDE）
Eclipse：Eclipse是一个功能强大的Java IDE，提供了代码编辑、调试、编译和部署等功能。它具有丰富的插件生态系统，可以通过插件扩展其功能，支持多种编程语言。
IntelliJ IDEA：另一个受欢迎的Java IDE，提供了强大的代码分析和智能代码补全功能。它也支持多种编程语言，并且具有良好的性能和易用性。
NetBeans：NetBeans是一个开源的Java IDE，提供了代码编辑、调试、编译和部署等功能。它具有友好的用户界面和丰富的功能，也支持多种编程语言。
使用构建工具
Apache Maven和 Gradle：这些工具可以管理项目的依赖、编译代码、运行测试并生成可执行的程序或部署包。通过使用版本控制系统，开发者可以追踪修改历史、合并代码变更以及管理代码分支等。
使用字节码编辑器
Javassist：Javassist是一个在运行时动态修改类和方法的工具，能够实现很多复杂的功能，比如动态代理、热更新等。它提供了一个非常直观的API，可以在运行时直接修改类的字节码。
建议
初学者：建议从简单的文本编辑器开始，如记事本或EditPlus，熟悉Java基本语法后，再选择合适的IDE进行开发。
中级开发者：可以根据项目需求选择Eclipse、IntelliJ IDEA或NetBeans等IDE，以提高开发效率。
高级开发者：可以尝试使用Javassist等工具进行更高级的代码操作和优化。
选择哪种方法取决于你的具体需求、项目规模和个人偏好。