BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套 在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。它能够迅速与公开数据库进行相似性序列比较，并得出序列相似度等信息，从而帮助判断序列的来源或进化关系。
BLAST程序通过将输入的核酸或蛋白质序列与数据库中的已知序列进行比对，寻找局部相似区域，并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。它支持以下几种类型的查询：
blastp：
将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询。
blastn：
将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询。
blastx：
先将待查询的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询。
通过使用BLAST，研究人员可以更有效地找到与特定序列相似的已知序列，进而推断出未知序列的功能、结构或进化关系。