农村宅基地变更登记程序一般包括以下步骤：
申报
申请人向乡国土资源所提交书面申请，并同时提交相关证明材料，如户籍证明、土地登记申请书、村民委员会的审查意见等。
地籍调查
乡国土资源所受理申请后，将组织人员到实地进行审查，核实申请人的条件，并制作宗地图。
权属审核
根据地籍调查结果，乡国土资源所提出初审意见，报局地籍科审查。
公告
对符合登记要求的宅基地进行公告，公告期满后1日内，上报区人民政府审批。
注册登记
申请人在缴纳相关费用后，可以在乡国土资源所领取土地使用证书。
颁发集体土地使用证
土地登记申请者按照规定缴纳有关费用后，在乡国土资源所领取土地使用证书。
具体流程细节可能因地区和具体情况有所不同，建议咨询当地国土资源部门或村委会获取更详细的指导。