项目贷款审计程序主要包括以下几个方面：
审查项目贷款计划管理情况
审查计划编制的基础：
项目贷款实行年度计划管理，贷款规模应纳入年度住房公积金归集使用财务收支计划。
公积金中心必须优先保证缴存职工提取和个人住房贷款，留足备付准备金后，方可将50%以内的住房公积金结余资金用于发放项目贷款。
对政府投资的公共租赁住房试点项目贷款规模要适度控制，每年应还款不得高于上年度住房公积金增值收益扣除计提贷款风险准备金和管理费用后的余额。
审查计划编制的内容：
项目贷款计划包括贷款额度、贷款期限和贷款利率三个方面。
贷款额度方面，重点了解贷款额度是否在批准的数额内，有无超计划、超规模情况。
贷款期限方面，建设项目不同，贷款期限也不一样。利用住房公积金发放经济适用住房和列入保障性住房规划的城市棚户区改造项目安置用房建设贷款，贷款期限最长不超过三年。发放政府投资的公共租赁住房贷款，贷款期限最长不超过五年。
贷款利率方面，是否按照五年期以上个人住房公积金贷款利率上浮10%执行，并随个人住房公积金贷款利率变动作相应调整。
审查计划编制的程序：
公积金中心应根据人民政府确定的保障性住房建设计划，提出建设项目及贷款额度建议，提交住房公积金管理委员会审议，经人民政府审批后，按程序报经上级有关部门批准。
审查项目贷款合同
《项目贷款委托协议》的审查：
审计受委托银行是否具备业务承办资格。
项目贷款流程风险审计要点
贷款准入环节：
承贷主体是否具有法人资格，贷款项目是否符合企业经营范围。
承贷主体是否具有国家规定的承担项目融资或建设（运营）的相关资质和能力。
承贷企业有无不良信用记录。
项目资本金来源、比例是否符合要求。
抵押担保率是否充足，风险防范措施是否落实。
贷款用途是否符合要求。
利率管理是否符合要求。
贷款申报材料是否齐全。
评级授信是否严格按规定程序操作。
是否根据项目实际融资需求、借款人偿债能力、风险缓释措施等因素综合确定贷款额度。
是否严格执行授信审批程序，有无逆程序操作和放松授信标准的情况。
贷前调查环节：
项目建设条件是否具备，包括：建设用地、水电供应及交通设施等能否满足建设需要，工艺技术是否成熟、可靠，主要生产设备来源及设备先进程度是否满足项目建设需要。
抵押物是否真实、足值、有效，有无虚假抵押的情况。
保证人是否具备保证能力。
质押担保是否符合要求。
对相关证明性文件是否进行合规性评估。
是否对借款人的资本实力、资产负债、生产经营、信用状况、综合偿债能力、未来发展前景等进行全面调查分析。
是否利用中国人民银行征信系统、债券信息系统、银行同业信息等渠道充分了解借款人融资情况及关联企业情况。
贷款审批环节审计
执行国家产业政策情况：
了解和分析商业银行支持产业结构调整和发展方式转变的具体措施，核查贷款是否符合产业调整要求，是否以各种名义审批发放贷款用于政绩工程、污染工程、高能耗工程以及新增产能过剩工程等问题。
包括：国务院十大产业调整振兴规划、节能减排、绿色环保、“走出去”等政策的落实情况；对国家限制类行业贷款投放情况；向新建项目、“两高一剩”等行业贷款投放情况。
风险识别和控制情况：
了解贷款审批部门对可能存在的政策风险、计划风险和担保风险的识别能力和相应控制措施。
审计方法
了解商业银行贷款审批流程和规定，从贷款业务发起、贷前调查到最后贷款发放的流程的基础上，重点了解贷款审批环节的流程。
一般情况下，是由经营行或对公业务部门发起申请，信贷审批部门或审贷官独立进行审查，并提出审查意见；提交给贷款审批委员会讨论决定；最后由分行行长签字批准。
通过以上程序，审计机关可以全面评估项目贷款的合规性、风险控制和效益性，确保项目贷款资金的安全和有效使用。