沪港通和深港通是中国大陆与香港股票市场互联互通的两个机制，它们的主要区别包括：
交易股票范围
沪港通包括沪股通和港股通，其中沪股通标的股是在上海证券交易所上市的股票，港股通标的股是在香港联合交易所上市的股票。
深港通除了包含沪港通的标的股外，还新增了市值在50亿元港币及以上的恒生综合小型股指数成分股，以及同时在港交所和深交所上市的A+H股公司股票。
账户体系
沪港通使用上海A股账户，实行指定交易制度。
深港通使用深圳A股账户，实行托管交易制度。
结算汇率
沪港通和深港通的结算汇率由中国结算沪、深分公司独立换汇，可能存在较小的差异，因为两市交易量不同，结算时可能按照买卖轧差摊分成本。
交易机制
沪港通和深港通采用“双通道”独立运行机制，投资者需分别通过各自的港股通账户进行交易和行权。
投资门槛
沪港通和深港通对个人投资者的证券账户及资金账户余额合计不低于人民币50万元。
交易时间
沪港通中的港股交易时间通常与香港联交所的港股交易时间一致。
市场特点
沪市上市的主要是银行、地产等大票，而深市有中小板和创业板，成长股是沪港通和港股市场的补充。
资金交叉使用
通过沪港通卖出证券的资金可用于买入深港通证券，反之亦然。
投资者可以根据自己的方便、习惯自由选择沪港通交易或深港通交易