牡丹和芍药虽然都属于毛茛科芍药属，但它们在多个方面存在明显的区别：
植物类别
牡丹是木本植物，可以长到2米高，具有木质茎干，冬季落叶后地上部分不会枯死，春季继续生长。
芍药是草本植物，高度通常不超过1米，茎干草质，冬季地上部分枯死，春季重新发芽开花。
叶片形态
牡丹的叶片宽大偏厚，前端有裂状，叶色较暗，无光泽。
芍药的叶片狭长较薄，前端尖细，无分裂，叶色呈亮绿色。
花朵形态
牡丹花朵通常单生，花径较大，花柄短，花朵常藏于叶间。
芍药花朵可单生或数朵簇生，花径略小，花柄长，花朵多在叶丛之上。
花期
牡丹一般在4月中下旬开花，花期大约持续10天。
芍药则在5月上中旬开花，花期通常持续一周左右。
根系
牡丹的根系发达，肉质粗而长，具有多数深根形的肉质主根和侧根，能活30到60年。
芍药的根系相对较为纤细，且根系不发达，根部簇生，生长迅速，但深度和广度不及牡丹。
育种途径
芍药可以通过种子繁殖，也可以通过根茎分株繁殖。
牡丹主要通过根茎分株繁殖。
外观和别称
牡丹被称为“花王”，花朵大且丰满，花瓣呈圆润状，花色多为红、粉、黄、白等。
芍药被称为“花相”，花朵较小，花瓣呈开放状，花色多为红、粉、白等。
总结：
牡丹和芍药在植物类别、叶片形态、花朵形态、花期、根系、育种途径以及外观和别称等方面都有明显的区别。通过这些特征，可以较为容易地区分这两种美丽的花卉。