农产品进项税额核定扣除办法主要有以下三种：
投入产出法
通过参照国家标准或行业标准确定销售单位数量货物耗用的外购农产品数量，即农产品单耗数量。
当期允许抵扣的农产品增值税进项税额依据农产品单耗数量、当期销售货物数量、农产品平均购买单价和扣除率计算。
公式为：当期允许抵扣农产品增值税进项税额 = 当期农产品耗用数量 × 农产品平均购买单价 × 扣除率 / （1 + 扣除率）。
期末平均买价的计算公式为：期末平均买价 = （期初库存农产品数量 × 期初平均买价 + 当期购进农产品数量 × 当期买价） / （期初库存农产品数量 + 当期购进农产品数量）。
成本法
依据试点纳税人年度会计核算资料，计算确定耗用农产品的外购金额占生产成本的比例（即农产品耗用率）。
当期允许抵扣的农产品增值税进项税额依据当期主营业务成本、农产品耗用率以及扣除率计算。
核定抵扣
凭票抵扣，根据取得的发票不同，分为四种情形：
1. 采购方从作为一般纳税人的销售方购进农产品，取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，按照发票上注明的税额直接抵扣。
2. 采购方从作为小规模纳税人的销售方，取得征收率为3%的增值税专用发票的，按照专用发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额并进行抵扣。
3. 采购方从农业生产者处采购的免税农产品，农业生产者可开具免税的销售发票，采购方用发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额并进行抵扣。
4. 如农业生产者未开具免税的销售发票，采购方可自行开具农产品收购发票，以发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额并进行抵扣。
建议：
选择合适的核定方法：企业应根据自身的生产经营情况选择合适的核定方法，确保能够准确核算进项税额，合理享受税收优惠。
关注政策变化：农产品增值税进项税额核定扣除办法可能会有更新和调整，企业应及时关注政策变化，确保合规操作。