台湾问题长期存在的根本原因涉及多个方面，以下是一些关键因素：
外部势力的干涉：
特别是美国的介入。美国将台湾作为其亚太战略的一部分，通过军事、经济和政治手段干涉中国内政，使得台湾问题复杂化。
台湾割据政权的问题：
台湾在历史上曾长期处于分裂状态，如果没有外部势力的庇护，台湾割据政权很难维持其存续。
两岸政治互信缺失：
由于历史原因和现实政治考量，两岸在相互认知上存在差异，影响了双方建立政治互信的进程。
“台独”分裂势力的活动：
台湾岛内存在主张“台独”的分裂势力，他们企图改变两岸同属一中的现状，进行各种谋“独”活动，这给两岸关系和平发展带来严重障碍。
历史遗留问题：
台湾问题是中国内战遗留的问题，两岸在历史上曾长期处于对立状态，这种历史遗留问题使得台湾问题的解决更加复杂。
外部势力的影响：
除了美国，其他一些国家也试图在台湾问题上做文章，干涉中国内政，增加了解决台湾问题的难度。
综合来看，台湾问题的长期存在是多重复杂因素共同作用的结果，其中外部势力的干涉和台湾割据政权的问题是两个主要因素。解决台湾问题需要综合考虑这些因素，并采取综合性的策略。