医疗保障基金使用内部管理制度主要包括以下内容：
首诊负责制和因病施治原则
严格执行首诊负责制和因病施治的原则，合理检查、治疗、用药和收费，提高医疗质量。
医疗服务质量
以人民健康为中心，以质量为核心，为参保病人提供合理、必要、优质、便捷、低廉、高效的医疗服务环境。
费用管理
向参保人员如实出具费用单据和相关材料，不得违反诊疗规范和收费标准，不得诱导、协助他人冒名或虚假就医、购药。
严格执行安徽省基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准，确保医疗保障基金支付的费用符合规定的支付范围。
除急诊、抢救等特殊情形外，凡需提供不在基本医疗保险支付范围内的医疗服务的，需由参保人员承担费用时，必须事先征得病人或家属的同意并签字。
财务管理
保管财务账目、会计凭证、处方、病历、治疗检查记录、费用明细、药品和医用耗材出入库记录等资料。
及时通过医疗保障信息系统全面准确传送医疗保障基金使用有关数据，向医疗保障行政部门报告医疗保障基金使用监督管理所需信息，向社会公开医药费用、费用结构等信息，接受社会监督。
入出院管理
严格掌握医保病人的入、出院标准，医保病人就诊时，应对患者进行身份验证，严格把关，禁止将非医保基金支付范围的费用列入医保基金支付。
病历管理
门诊病历应规范齐全，各种检查治疗、用药及出院带药需符合病情及相关规定。
药品和医用耗材管理
医保支付的药品、耗材应当按规定在医疗保障行政部门规定的平台上采购，并真实记录“进、销、存”等情况。
培训与宣传
定期开展医疗保障基金相关制度、政策培训，提高医务人员的政策水平和操作规范。
监督与问责
成立医疗保障基金使用监督管理领导小组，负责全面监督管理，定期督查各科室医保基金使用情况。
对涉嫌骗取医保基金投诉案件进行调查核实并移交有关部门处理，对全院医保基金使用的违规行为进行执纪问责。
其他相关规定
严格执行医保协议，合理诊疗、合理收费，严格执行医保药品、医用耗材和医疗服务项目等目录。
医疗机构应做好参保病人入院宣教和医保政策的宣传工作，按要求签定参保病人自费项目同意书。
这些制度旨在加强医疗保障基金的监督管理，保障基金的安全和有效使用，维护公民的医疗保障合法权益。各医疗机构和相关部门应严格遵守这些制度，确保医保基金的合理、规范和有效使用。