小程序盈利的纳税计算主要依据以下几点：
收入类型
小程序交易收入：通过小程序实现的收入，按照正常的收入一样交税。
资产转让：如果是小程序转让，则按照资产转让交税。
纳税比例
销售货物或提供服务：一般按3%计算，疫情期间可能按1%计算。
增值税：如果有货物交易，则涉及13%的增值税，此外还需缴纳附加税（如城建税等）。
开票与税收
开具发票：如果工作室仅作为中介，代收客户款项再转给甲方，且没有从中获取额外收入，可能无需缴税，但需确保资金流向清晰。
个人与企业的结算：如果收款账户是对私，则按个人结算（可能涉及代扣代缴个税）；如果是对公，则按企业结算（需要开具专票）。
具体税额计算
利润计算：应纳税所得额 = 收入 - 成本 - 进项税。
增值税：应纳增值税额 = 销售额 × 税率 - 进项税额。
附加税：城建税、教育费附加等，根据增值税额计算。
个人所得税：如果工作室或个人从中获取了服务费或其他收入，需按个人所得税法规定缴纳个人所得税。
建议
明确收入性质：首先需要明确小程序的收入性质，是交易收入还是资产转让。
计算税额：根据收入类型和金额，计算应纳的增值税和个人所得税。
合规开票：确保按规定开具发票，避免因发票问题产生税务风险。
咨询专业人士：如果对具体税务处理有疑问，建议咨询专业的税务顾问或会计师。