程序违法的惩罚措施会根据违法的性质、严重程度以及造成的后果而有所不同。以下是一些可能的惩罚方式：
宣告无效
在被告人不认罪、辩护律师采取无罪辩护立场的案件中，法院可以对各种程序性违法行为适用宣告无效的制裁方式。
量刑协商
在被告人认罪认罚、律师放弃无罪辩护的案件中，尤其是在法律没有确立宣告无效后果的情形下，被告方可以将程序性辩护作为一种量刑协商筹码，促使司法机关采取量刑补偿的裁判方式。
行政处罚
不遵守法定程序的行政处罚无效。有权机关在作出行政处罚决定之前，不依法向当事人告知给予行政处罚的事实、理由和依据，或者拒绝听取当事人的陈述、申辩，行政处罚决定不能成立。
违反法定程序实施行政强制的，由上级行政机关或者有关部门责令改正，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
行政处分
对于程序违法的行政处罚，上级行政机关可以对公安部门作出的违法的行政处罚责令改正，并且要对直接责任人员依法给予行政处分。
国家赔偿
给行政处罚相对人造成损失的，可以申请国家赔偿。
刑事责任
如果程序违法构成犯罪，相关责任人将依法追究刑事责任。
撤销或重新作出处罚决定
法院可以撤销或部分撤销违反法定程序的行政处罚，并要求行政机关重新作出处罚决定。
投诉举报
当事人有权向其上级机关、人民检察院投诉举报，根据具体情节予以行政处分。
综上所述，程序违法的惩罚措施包括宣告无效、量刑协商、行政处罚、行政处分、国家赔偿、刑事责任、撤销或重新作出处罚决定以及投诉举报等多种方式。具体适用哪种措施，需要根据案件的具体情况和法律规定进行判断。