协议出让国有土地使用权的办理程序主要包括以下几个步骤：
申请与受理
原划拨土地使用权人向当地市、县国土资源局提出协议出让申请，并提交相关申请材料。
审查与确定出让方案
国土资源部门对申请资料进行审查，确定协议出让方案，包括土地用途、面积、价格等条件。
出让方案报批
将协议出让方案及底价报县人民政府审批。
签订出让合同并公布结果
经审批通过后，国土资源部门与用地意向者签订《国有土地出让意向书》，并在土地有形市场、媒体或土地市场网上公布出让结果。
办理土地登记
受让人按照合同约定支付出让金后，办理土地登记手续，领取国有土地使用证。
其他相关手续
需要提供的其他材料包括法人资格证明、法定代表人身份证明、授权委托书、受委托人身份证明、项目批准文件、建设用地规划许可证、土地勘测定界图、土地估价报告等。
整个流程需要遵循国土资源部《协议出让国有土地使用权规范》（试行）的相关规定，确保手续齐全、合法合规。建议申请人在办理过程中与当地的国土资源管理部门保持密切沟通，确保每一步骤都能顺利进行。