程序有瑕疵时，可以采取以下方式补证：
行政复议：
如果认为结婚登记程序存在瑕疵，可以向民政部门提出信息，要求相关的工作机关进行更改，或者提起行政复议。
行政诉讼：
当事人可以向人民法院提起行政诉讼，请求确认婚姻登记的效力。
征得当事人认可：
如果证据存在瑕疵，但犯罪嫌疑人或被告人认可该证据的有效性，可以通过事后追认等方式使该瑕疵证据合法化。
修正错误：
对于笔录上遗漏的重要内容或遗漏的有关人员签名等错误，可以通过修正错误的方式进行补正。
重新实施侦查行为并重新制作笔录：
在证据笔录存在较大错误或侦查活动存在明显瑕疵的情况下，可以重新实施侦查行为并重新制作笔录。
合理解释或说明：
对于某些程序瑕疵，可以通过作出合理解释或说明的方式来补正。
建议根据具体情况选择合适的补证方式，以确保程序的合法性和有效性。