当程序违法的案件出现时，法院可以根据具体情况采取不同的处理措施：
撤销或部分撤销判决：
法院可以依法撤销或部分撤销违反法定程序的行政处罚决定。这一做法旨在纠正违法的行政行为，保护当事人的合法权益。
重新作出具体行政行为：
在撤销原行政处罚决定后，法院可以要求相关行政机关重新作出具体行政行为。但重新作出的行为不得基于同一事实和理由，以确保行政行为的合法性和公正性。
发回重审：
对于法院程序违法的案件，法院可以裁定撤销原判决，并发回原审人民法院重审。这适用于原判决遗漏当事人或存在其他严重违反法定程序的情况。
重新鉴定：
在某些情况下，如涉及鉴定程序违法，法院可以要求重新鉴定，以确保鉴定意见的准确性和公正性。
不得再次使用相同事实和理由：
法院在处理程序违法案件时，会明确相关方面不得再次使用相同的事实和理由作出相似的具体行政行为，从而避免“一事不再理”原则的适用。
综上所述，处理多处程序违法的情况时，法院主要采取撤销、重新作出具体行政行为、发回重审以及重新鉴定等措施，并强调不得再次使用相同的事实和理由。这些措施旨在纠正违法行为，保护当事人的合法权益，并确保行政行为的合法性和公正性。