当遇到税务程序违法的情况时，可以采取以下措施进行处理：
及时改正
如果违法行为是首次发生，并且危害后果轻微，可以在税务机关发现前主动改正，或者在税务机关责令限期改正的期限内改正，那么可以不予行政处罚。这是根据广东省“首违不罚”制度的规定。
行政复议
如果税务稽查局作出的税务处理决定书和税务行政处罚决定书存在程序违法和超越职权等问题，可以依法提起行政复议。在复议过程中，可以要求复议机关对原决定进行审查，并可能撤销或变更原决定。
行政诉讼
如果对行政复议的结果不满意，可以在规定的期限内提起行政诉讼。法院将对原行政行为进行审理，并可以撤销、变更或确认原行政行为违法。
举报监督
如果发现税务程序违法，还可以通过税务举报热线12366进行举报，税务机关在接到举报后应依法进行调查处理。
内部纠正
对于税务机关内部存在的程序违法问题，可以通过内部监督机制进行纠正，确保税务处理的合法性和规范性。
在处理税务程序违法时，建议及时咨询专业税务律师或税务机构，以确保自身权益得到充分保障。同时，纳税人也应自觉遵守税法，及时改正违法行为，避免不必要的法律风险。